Trata de la vida y aventuras de Santiago, un joven de 16 años aproximadamente que desde pequeño siempre había vivido en España. Al principio, su padre lo convenció de entrar en un seminario y ser sacerdote, pero su deseo de viajar lo llevó a ser pastor. El libro se introduce de la siguiente forma:
"Cuando una persona desea realmente algo, el Universo entero conspira para que pueda realizar su sueño. Basta con aprender a escuchar los dictados del corazón y a descifrar un lenguaje que esta más allá de las palabras, el que muestra aquello que los ojos no pueden ver."
El libro en general, trata de sueños y los medios que utilizamos para alcanzarlos, de los azares de la vida y las señales que se presentan a lo largo de la misma (saber comprender, observar dichas señales, etc).
Es una paráfrasis del cuento "Historia de dos que soñaron" de Jorge Luis Borges, que a su vez es una paráfrasis de un texto tomado de "Las mil y una noches". Son las peripecias de un héroe que busca su tesoro lejos de su hogar para luego regresar a él y hallarlo; no sin antes sufrir una profunda transformación en su visión del mundo y su realidad.
Santiago es un joven que con su sed de conocer nuevos lugares se aventura a ser pastor, cuidando sus ovejas y llevándolas al pueblo para vender su lana, Santiago, tiene una vida relativamente tranquila, pero sin previo aviso, tiene un extraño sueño que le indica la ubicación de su meta en la vida, un tesoro.
Santiago va con una vieja gitana que le dice el significado de su sueño, que ese tesoro es real y que por haberle dicho eso, la gitana, pidió un diez porciento cuando él encontrara el tesoro.
El dueño le contó que a veces los sueños no se pueden cumplir por la falta de determinación de la gente, entonces recordó al viejo rey, de su Leyenda Personal, se había olvidado totalmente de ella.
Le dijo al dueño que al siguiente día se iba, el dueño, con cierta tristeza aceptó y al día siguiente, el dueño bendijo al joven y éste se fue.
Se unió a una caravana y se aventuró a las arenas del desierto. Por muchas noches y días caminando, hizo amistad con un inglés el cual estaba en búsqueda de un Alquimista, el caravanero no dormía de noches ya que el miedo lo tenía paralizado porque el desierto era el escenario de la guerra entre varios clanes y una caravana desconocida es asesinada.
Después el alquimista "auto acepta" ( ya que Santiago estaba dudoso) ser el guía hasta las Pirámides de Egipto, en esos momentos Santiago se vuelve otro ya que se "convierte" en una persona "normal" que no quiere seguir sus sueños ni su Leyenda Personal, se vuelve un conformista que sólo quiere vivir en el Oasis con su amada Fátima, el alquimista le explica a Santiago que si no sigue su Historia Personal vivirá un tiempo feliz pero será una persona vacía.
Santiago se despide de Fátima y parte a la mañana, Fátima jura que le esperará y que mandará besos y su perfume a través del viento.
El Alquimista y el muchacho parten y después de varios días pasan por un clan algo peligroso sin decirles nada.
Unos soldados los inspeccionan y encuentran en el equipaje del Alquimista un frasco lleno con un líquido amarillo y un "huevo" de cristal amarillo(parecido al ámbar), los guardias preguntándoles que eran esos raros objetos, el Alquimista, responde con la verdad, diciéndoles que es el Elixir de la larga vida y con ella jamás caerán enfermos y el otro artículo es la Piedra Filosofal con un solo grano de ésta cualquier metal es convertido en oro. Los soldados se ríen y los tachan de locos.
Después de alejarse de los soldados, Santiago, pregunta y duda de aquel acto (lo que dijo el Alquimista) y este responda que lo dijo para enseñarle una simple y valiosa lección de la vida, "los hombres no reconocen los tesoros aunque estén frente a sus ojos" ya que simplemente los hombres no creen es tesoros.
Pasaron los días y ellos seguían avanzando hacía su destino. y Pasaron por otro clan , en este los detuvieron argumentando que eran espías del clan enemigo. Los mostraron ante los generales y el alquimista dijo que los dos eran alquimistas pero el muchacho se podía convertir en viento. Los generales, algunos escépticos otros asombrados, les dieron tres días para probarlo, el joven meditó por dos día y al tercero, él conversaba con el desierto ya que los dos hablan el mismo idioma "El Lenguaje del Mundo" y el muchacho pide ayuda al desierto y éste le dice (si el desierto) que no puede sólo y necesita ayuda del viento, éste también acepta y los generales asustados veían, mientras que el Alquimista sonreía, ese día fue histórico en ese clan, muchos descendientes contaban la historia de un joven que se había convertido en el mismo viento.
Siguieron su camino y llegaron a un monasterio donde les atendió un monje vestido de negro, los invitó a pasar y empezaron a charlar. Luego el Alquimista tomó un pedazo de metal, de forma esférica, y lo convirtió en oro. Luego lo partió en cuatro, le dio un pedazo al monje (por su ayuda a todos los peregrinos), le dio un pedazo al muchacho para seguir su camino, se guardó un pedazo y después le volvió a dar al monje por si lo necesitaba el muchacho.
El Alquimista regresó a su tienda y el muchacho siguió, horas más tarde, el muchacho llegó a las Pirámides y empezó a cavar. Agotado, llegaron unos asaltantes y encontraron oro en la ropa del muchacho. Lo golpearon y dijo gritando "estoy buscando un tesoro". Pararon de golpearlo y el líder le dijo "no morirás, para que notes que un hombre no puede ser tonto para seguir un sueño y cruzar el desierto para eso"; le dijo que el también había tenido un sueño, sobre un tesoro en una Iglesia semidestruida en España y que no era tan tonto como para ir sólo por un sueño.
Santiago se levantó y le sonrió a las Pirámides, Había encontrado su tesoro.
De nuevo en España cavó y encontró un cofre con monedas antiguas de oro españolas y piedras preciosas, había realizado su Leyenda Personal.
Acostado, mirando las estrellas, una corriente de aire que provenía del desierto, tocó a Santiago. Aquel perfume y aquel beso que le llevó el viento le parecía conocido. "Ya voy Fátima" fue la última frase.